Ankara
Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, Horizon Europe "çığır açıcı teknolojiler" programından, virüs, bakteri ve insanoğlu genomu dizi analizini seyyar cihazlarla az maliyetle yaparak aceleci teşhis olanağına imkân sağlayacak geleceğin teknolojisi düşüncesince 3 milyon Avro bağış desteği aldı.
"BioPIM-Biyoenformatik Algoritmaları düşüncesince Bellekte İşleme Mimarileri ve Programlama Kütüphaneleri" isminde projede 4 ülkeden 7 araştırı grubunun toprak almış bulunduğu arsıulusal konsorsiyumun koordinatörü seçilen Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Can Alkan, AA muhabirine açıklamalarda bulundu.
Genom dizi analizini çabuklaştırma ve ucuzlatma potansiyeline ehil teknolojiyi yükseltmek düşüncesince Horizon Europe programından 3 milyon Avro dayanak aldıklarını kail Alkan, şu detayları verdi:
"Proje, Horizon 2020 programının devamı niteliğindeki AB'nin araştırı ve inovasyon programı Horizon Europe programı kapsamında, Bilkent Üniversitesi'nin ilk bağış desteği. Proje, Avrupa İnovasyon Konseyi'nin araştırı ekiplerine 'çığır açıcı ortak teknolojiyi muayeneleri yahut geliştirmeleri' düşüncesince dayanak sunan EIC Kılavuz (Pathfinder) programı kapsamında desteklendi."
14 senedir üstünde çalışıyorlardı
Projelerinin dayanak almaya doğruluk kazandığını, fakat bu projeye başvurudan evvel iklim dışı ortaklarla bu özellik üstünde 14 senedir düzentileme yaptıklarını, bellekte el işi teknolojileri üstünde arsıulusal yayınlarının bulunduğunu özetleyen Alkan, "Bilgisayar belleklerinde (RAM) el işi teknolojisi dünyada da aşırı yeni, halen geliştiriliyor. Şu anda gidip ortak yerden satın alabileceğiniz ortak uygulayım bilimi de değil. Bu dünkü teknolojide, işlemcide yapılabilecek işlemlerin ortak kısmı, hafızanın üstünde ek ortak devir ile yapılabiliyor. Bu uygulayım bilimi düşüncesince birtakımı iri şirketlerle ortaklaşa iş de yapıyoruz." niteleyerek konuştu.
Biyoenformatikte çoğunlukla beğenilen algoritma ve data yapıları ile dünkü büyümekte bulunan bellekte el işi teknolojilerini baş başa tasarlamaya odaklanacaklarını ve genom dizi analizinde maliyet, erke ve devir tasarrufu açısından en faziletli faydayı elde etmeyi hedeflediklerini bildiren Alkan, "BioPIM projesi, dokunmabana engelleme kazanmak kıl payı hastalıklara köken bulunan mutasyonların keşfi, metagenomik, nüfus genetiği ve mukayeseli genomik analiz, transkriptom profilleme ve Kovid-19, Ebola ve Zika denli müstevli rahatsızlıkların takip edeni engelleme kazanmak kıl payı hepsi genom ve transkriptom çalışmalarını etkilemeyi amaçlıyor." ifadesini kullandı.
5-10 dakika süresince Kovid-19 değişke tespiti
Can Alkan, hepsi insanoğlu genomu dizilemesinin ve dizi analizinin bu günlerde ortak dü güneş sürebildiğine dikkati çekerek, şu biçimde bitmeme etti:
"Geliştirmeye başladığımız uygulayım bilimi ile genom dizi analizini mobil bilgisayarlarda aşırı elan aceleci gerçekleştirmek kıl payı yola çıktık. Yeni uygulayım bilimi ile Kovid-19, Ebola ve Zika denli müstevli rahatsızlıkların takip edeni ve tanısından kalıtım bilimi hastalıklara köken bulunan mutasyonların keşfine derece hepsi genom çalışmalarının, eş hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin ağır bulunduğu sahalara derece yaygınlaştırılmasını hedefliyoruz. Kovid-19 örneğini ele alırsak, burundan tahsil edilen örnekle virüsün RNA'sını nanopore isminde cihazla okurken elde edilmiş verileri geliştireceğimiz cihazda, eşzamanlı namına analiz ederek koyacağız, 15 dakika sonraları gen dizilimi dalında son alacağız. misal tahsil edilen hastada Kovid-19 namına enflüanza denli bambaşka ortak virüsün bulunması yerinde bu ayrımı da yapabileceğiz. Bu cihazla gen dizi analizleri ile teşhis süreci bu 5-10 dakikaya düşebilecek. Böylece virüsün ilk çıkmış bulunduğu andan sonraları değişime uğramış bulunduğu varyantları da aşırı aceleci biçimde belirleme etmeyi hedefliyoruz."
Maliyet 15-20 bin dolardan 500-600 dolara düşecek
Can Alkan, amaçlarının derinliğine devam eden genom dizi analizlerini elan ıvır zıvır seyyar cihazlarda elan aceleci ve elan az çarpıcılık harcayarak gerçekleştirmek olduğuna ayraç ederek, insanoğlu genomu araştırmalarında da yüzdelik 50 dolayında çarpıcılık tasarrufu sağlamayı hedeflediklerini söyledi.
Virüs araştırmalarında ise hepsi genom çalışmalarının, eş hekimlerine, havaalanlarına ve sunuculara erişimin ağır bulunduğu sahalara derece yaygınlaştırılmayı amaçladıklarını bildiren Alkan, "Hatta okulların revirlerinde güçlü olabilir. Burada amacımız, maliyetleri de düşürmek. Şu anda ortak bireyin insanoğlu genomunun dizi analizini gerçekleştirmek için, 15-20 bin dolarlık anonsör ile ortak hafta müddet harcanıyor. Bunun namına 500-600 dolarlık ıvır zıvır seyyar cihazlarla elan aceleci biçimde bu analizleri yapabilir bir vaziyete getirmeyi planlıyoruz." niteleyerek konuştu.
Cihazın prototipinin ihya süreci 4 yıl
Alkan, teknolojilerinin Kovid-19 denli müstevli hastalıklara faktör bulunan virüs ve bakterilerin tanısı üstünde ne denli tadilat yapacağına bağlı şu detayları verdi:
"Boğaz veya burundan tahsil edilen enfeksiyon örneklerinin tanılaması bu günlerde saatler ayrıca eyyam sürerken hapaz içi derece bulunan nanopore aleti bir-iki sayaç bünyesinde bundan sonraları genom dizisini veriyor. Ancak bu dizinin anlamlandırılması düşüncesince fiyatlı sunucularda ortak dü sayaç analiz edilmesi gerekiyor. Bizim geliştirmeyi önerdiğimiz sistemde özelleştirilmiş devir tasarımları ile bellekte işleyerek virüsün, bakterinin türü karşı detayları vermeyi amaçlıyoruz. Bu fen rastgele çeşit dizi analizine uygulanabileceği düşüncesince irsî ve ender rahatsızlıkların tanısı düşüncesince de kullanılabilir fakat az buçuk elan derinliğine sürecek ortak işlem. Virüs varyantları da aşırı hızı biçimde belirleme edilebilir. SMA denli eşsiz rahatsızlıkların da tanısı düşüncesince maliyet ve devir tasarrufu da sağlanabilir."
Projenin 4 sene süreceğini tamlayan Alkan, "Farklı devletlerde 7 ayrı grup, plan düşüncesince çalışıyor. Türkiye'den de projenin yaşama geçmesi düşüncesince dünkü araştırmacılarla çalışıyoruz. 4 sene sonraları hepsi eş hekimlerinde bu aygıt olacak diyemem fakat en azından ilk örnek evresini tamamlamış olacağımıza inanıyorum." dedi.
Doç. Dr. Can Alkan, geliştirmenin peşi sıra plan ekibinde de toprak meydan UPMEM ve IBM denli dü ayrı uran kuruluşu ile istihsal döneminin de olacağını laflarına ekledi.
